Het Comité van Ministers is het hoogste beslisorgaan van de Benelux Unie. Het Comité van Ministers telt ten minste één vertegenwoordiger op ministerieel niveau van de drie landen. De samenstelling van het Comité van Ministers kan veranderen in functie van de agenda.

De vergaderingen van het Comité van Ministers worden bij toerbeurt door een Belgisch, Luxemburgs en Nederlands lid voorgezeten voor de duur van een kalenderjaar.

De Ministers bepalen de richtsnoeren en de prioriteiten van de samenwerking in de Benelux

Het Benelux-Gerechtshof is een internationaal rechtscollege. Zijn missie is het bevorderen van de gelijkheid bij de toepassing van Benelux-regelgeving, zoals die met betrekking tot intellectuele eigendom (waren- en dienstmerken, tekeningen en modellen), dwangsom, de invordering van belasting-schulden, de vogelbescherming en de gelijke fiscale behandeling. Nationale rechters dienen bij twijfel over de uitleg van een gemeenschappelijke Benelux-rechtsregel deze uitleg te vragen aan het Beneluxhof, dat vervolgens een bindende uitspraak doet.

De 9 leden van het Benelux-Hof worden uit de magistraten van het Hof van Cassatie van België, de Hoge Raad der Nederlanden en het Cour supérieure de Justice van Luxemburg benoemd. Hun benoeming bij het Benelux-Hof vormt geen beletsel voor het verder uitoefenen van hun nationale functie.

De Benelux-Raad bestaat uit de hoge ambtenaren van de bevoegde ministeries en de samenstelling van de Raad kan veranderen in functie van de agenda. De voornaamste bevoegdheid van de Raad bestaat daarin om de dossiers voor de ministers voor te bereiden.

Het initieert, ondersteunt en bewaakt samenwerking op het gebied van economie, duurzaamheid en veiligheid.