Le Secrétariat général Benelux installé à Bruxelles constitue le centre administratif de l’Union Benelux. Il assure le secrétariat du Comité de Ministres, du Conseil de l’Union et de divers Commissions et Groupes de travail.

Comme le Secrétariat général opère dans une stricte neutralité, il est parfaitement à même de jeter les ponts entre différents partenaires de concertation.

En plus du soutien logistique, le Secrétariat général fournit les connaissances et l’expérience nécessaires, ne fût-ce que pour intégrer les cultures politiques et institutionnelles souvent très différentes de part et d’autre de la frontière. Ce soutien permanent a l’avantage de tirer profit de l’expérience acquise et d’établir des liens entre différentes initiatives. Le Secrétariat général possède avec de nombreuses autorités et institutions un réseau étendu de points de contact au service des partenaires de coopération. Dans la pratique, l’ignorance des cultures politiques et administratives de l’autre côté de la frontière est en effet le principal obstacle à la coopération. En recourant aux services du Secrétariat général du Benelux, on trouve rapidement et efficacement sa voie de l’autre côté de la frontière.