Het Secretariaat-Generaal van de Benelux, dat gevestigd is te Brussel, is de centrale administratieve spil van de Benelux Unie.

Het vervult het secretariaat van het Comité van Ministers, de Raad van de Unie en de diverse Commissies en Werkgroepen.

Doordat het secretariaat strikt neutraal opereert is het ook uitstekend geschikt om bruggen te slaan tussen de verschillende overlegpartners.

Naast facilitaire steun levert het secretariaat ook de nodige kennis en ervaring. Al was het alleen maar om te helpen de vaak sterk verschillende bestuurlijke en overheidsculturen aan weerszijden van de grens ineen te passen. Dit vaste steunpunt biedt het voordeel dat de bij samenwerking opgedane ervaring actief kan worden benut en dat dwarsverbanden tussen verschillende initiatieven kunnen worden gelegd.

Het secretariaat beschikt over een uitgebreid netwerk van contactpunten met talloze overheden en instellingen dat ten dienste staat van de samenwerkende partners. In de praktijk is onbekendheid met politieke en bestuursculturen aan de andere zijde van de grens immers vaak de grootste drempel voor samenwerking. Door de secretariaatsdiensten te benutten vindt men snel en efficiënt de weg aan de andere zijde van de grens.