L’Union Benelux dispose de cinq institutions centrales qui lui permettent d’agir de manière efficace et compétente pour l’intérêt des citoyens de ses trois pays membres :
Le Comité de Ministres est l’organe décisionnel suprême de l’Union Benelux. Il est composé d’au moins un représentant au niveau ministériel de chacun des trois pays. Les ministres définissent les orientations et les priorités de la coopération Benelux. Sa composition peut varier d’une réunion à l’autre en fonction de l’ordre du jour.
Le Conseil du Benelux est composé de hauts fonctionnaires des ministères compétents. Sa mission principale est de préparer les dossiers pour les ministres, sa composition variant également en fonction de l’ordre du jour.
Le Secrétariat général du Benelux initie, soutient et surveille la coopération dans les domaines de l’économie, de la durabilité et de la sécurité.
L’Assemblée interparlementaire Benelux compte 49 membres, délégués par les parlements de la Belgique, des Pays-Bas et du Luxembourg. Les membres de l’Assemblée interparlementaire Benelux informent et conseillent leurs gouvernements respectifs sur toutes les questions relatives au Benelux.
Les compétences de la Cour de justice Benelux couvrent notamment les domaines de la propriété intellectuelle, des astreintes, du recouvrement des dettes fiscales et de l’égalité de traitement fiscal. Les tribunaux nationaux peuvent par exemple demander à la Cour Benelux, dont les neuf membres sont choisis parmi les juges de la Cour de cassation belge, du Hoge Raad der Nederlanden et de la Cour supérieure de justice de Luxembourg, d’interpréter une règle de droit Benelux commune.
En outre, l’Union Benelux dispose, avec l’Office Benelux de la Propriété Intellectuelle (OBPI), d’un organisme officiel pour l’enregistrement des marques de produits et de services, dessins ou modèles dans les trois pays.