L’Union Benelux dispose de cinq institutions centrales qui lui permettent d’agir de manière efficace et compétente pour l’intérêt des citoyens de ses trois pays membres :
Le Comité de Ministres est l’organe décisionnel suprême de l’Union Benelux. Il est composé d’au moins un représentant au niveau ministériel de chacun des trois pays. Les ministres définissent les orientations et les priorités de la coopération Benelux. Sa composition peut varier d’une réunion à l’autre en fonction de l’ordre du jour.
Le Conseil du Benelux est composé de hauts fonctionnaires des ministères compétents. Sa mission principale est de préparer les dossiers pour les ministres, sa composition variant également en fonction de l’ordre du jour.
Le Secrétariat général du Benelux initie, soutient et surveille la coopération dans les domaines de l’économie, de la durabilité et de la sécurité.
L’Assemblée interparlementaire Benelux compte 49 membres, délégués par les parlements de la Belgique, des Pays-Bas et du Luxembourg. Les membres de l’Assemblée interparlementaire Benelux informent et conseillent leurs gouvernements respectifs sur toutes les questions relatives au Benelux.
La Cour Benelux est notamment compétente pour l’interprétation uniforme des règles juridiques communes (dans des domaines tels que la propriété intellectuelle, les astreintes, l’assurance responsabilité civile automobile, etc.) À cette fin, les juridictions nationales peuvent – voire doivent – saisir la Cour de justice Benelux pour des questions d’interprétation. La Cour de justice Benelux est également compétente pour statuer sur les recours contre les décisions définitives de l’Office Benelux de la Propriété intellectuelle. Selon la nature de l’affaire, la Cour est composée soit de magistrats choisis parmi les membres de la Cour de cassation belge, du Hoge Raad der Nederlanden et de la Cour supérieure de justice du Luxembourg, soit de magistrats choisis parmi les membres des Cours d’appel de Belgique, des Cours d’appel des Pays-Bas et de la Cour d’appel de Luxembourg.
En outre, l’Union Benelux dispose, avec l’Office Benelux de la Propriété Intellectuelle (OBPI), d’un organisme officiel pour l’enregistrement des marques de produits et de services, dessins ou modèles dans les trois pays.