De Benelux Unie beschikt over vijf instellingen waarmee ze efficiënt en vakkundig kan optreden in het belang van de burgers van haar drie lidstaten:
Het Comité van Ministers is het hoogste besluitvormingsorgaan van de Benelux Unie. Het bestaat uit minstens één vertegenwoordiger op ministerieel niveau van alle drie de landen. De ministers stellen de richtingen en prioriteiten voor de Benelux-samenwerking vast. De samenstelling van het Comité kan per vergadering verschillen. Dat is afhankelijk van de agenda.
De Benelux-Raad bestaat uit hoge ambtenaren van de bevoegde ministeries. De voornaamste taak van de Raad is het voorbereiden van dossiers voor de ministers. De samenstelling van de Raad varieert. Ook dat is afhankelijk van de agenda.
Het Benelux Secretariaat-Generaal initieert, ondersteunt en bewaakt de samenwerking op het gebied van economie, duurzaamheid en veiligheid.
De Benelux Interparlementaire Assemblee telt 49 leden, afgevaardigd door de parlementen van België, Nederland en Luxemburg. De leden informeren en adviseren hun respectieve regeringen over alle vraagstukken met betrekking tot de Benelux.
Het Benelux-Gerechtshof is met name bevoegd voor de uniforme uitleg van de gemeenschappelijke rechtsregels (op gebieden zoals de intellectuele eigendom, de dwangsom, de wettelijke aansprakelijkheidsverzekering voor motorrijtuigen, enz.). Daartoe kunnen – of zelfs moeten – nationale rechters vragen om uitleg aan het Benelux-Gerechtshof voorleggen. Het Benelux-Gerechtshof is eveneens bevoegd om uitspraak te doen over beroepen tegen eindbeslissingen van het Benelux-Bureau voor de Intellectuele Eigendom. Afhankelijk van de aard van de zaak, is het Hof samengesteld hetzij uit magistraten die zijn gekozen uit de leden van het Belgische Hof van Cassatie, de Hoge Raad der Nederlanden en het ‘Cour supérieure de justice’ van Luxemburg, hetzij uit magistraten die zijn gekozen uit de leden van de Hoven van beroep van België, de Gerechtshoven van Nederland en het ‘Cour d’appel’ van Luxemburg.
Bovendien beschikt de Benelux Unie met het Benelux-Bureau voor de Intellectuele Eigendom (BBIE) – een onafhankelijke organisatie – over een officiële instantie voor de registratie van merken, modellen en tekeningen in de drie landen.