Die Benelux-Union verfügt über fünf Institutionen, die es ihr ermöglichen, effizient und kompetent im Interesse der Bürger ihrer drei Mitgliedsstaaten zu handeln:
Das Ministerkomitee ist das höchste Entscheidungsgremium der Benelux-Union. Er besteht aus mindestens einem Vertreter auf Ministerebene aus allen drei Ländern. Die Minister legen die Richtung und die Prioritäten der Benelux-Zusammenarbeit fest. Die Zusammensetzung des Komitees kann von Sitzung zu Sitzung variieren. Dies hängt von der Tagesordnung ab.
Der Benelux-Rat besteht aus hohen Beamten der zuständigen Ministerien. Seine Hauptaufgabe besteht darin, Dossiers für die Minister vorzubereiten. Die Zusammensetzung des Rates ist unterschiedlich. Auch diese hängt von der Tagesordnung ab.
Das Benelux-Generalsekretariat initiiert, unterstützt und überwacht die Zusammenarbeit in den Bereichen Wirtschaft, Nachhaltigkeit und Sicherheit.
Die Interparlamentarische Versammlung der Benelux-Länder hat 49 Mitglieder, die von den Parlamenten Belgiens, der Niederlande und Luxemburgs entsandt werden. Die Mitglieder informieren und beraten ihre jeweiligen Regierungen in allen sich auf die Benelux-Länder beziehenden Fragen.
Der Benelux-Gerichtshof ist insbesondere für die einheitliche Auslegung gemeinsamer Rechtsnormen zuständig (z. B. in den Bereichen geistiges Eigentum, Zwangsgelder, Kraftfahrzeug-Haftpflichtversicherung usw.). Zu diesem Zweck können – oder müssen – die nationalen Richter dem Benelux-Gerichtshof Auslegungsfragen vorlegen. Der Benelux-Gerichtshof ist auch für Entscheidungen über Berufungsklagen gegen endgültige Entscheidungen des Benelux-Amtes für geistiges Eigentum zuständig. Je nach Art der Rechtssache setzt sich der Gerichtshof entweder aus Richtern zusammen, die aus den Mitgliedern des belgischen Kassationsgerichtshofs, des Obersten Gerichtshofs der Niederlande und der luxemburgischen Cour supérieure de justice ausgewählt werden, oder aus Richtern, die aus den Mitgliedern der belgischen Berufungsgerichte, der niederländischen Berufungsgerichte und der luxemburgischen Cour d’appel ausgewählt werden.
Außerdem verfügt die Benelux-Union mit dem Benelux-Amt für geistiges Eigentum (BBIE) – einer unabhängigen Organisation – über eine offizielle Stelle für die Eintragung von Marken, Mustern und Zeichnungen in den drei Ländern.