Die Benelux-Union verfügt über fünf Institutionen, die es ihr ermöglichen, effizient und kompetent im Interesse der Bürgerinnen und Bürger ihrer drei Mitgliedsstaaten zu handeln:
Das Ministerkomitee ist das höchste Entscheidungsgremium der Benelux-Union. Es besteht aus mindestens einem Vertreter auf Ministerebene aus allen drei Ländern. Die Ministerinnen und Minister legen die Richtung und die Prioritäten der Benelux-Zusammenarbeit fest. Die Zusammensetzung des Komitees kann in Abhängigkeit von der Tagesordnung von Sitzung zu Sitzung variieren.
Der Benelux-Rat besteht aus hohen Beamten der zuständigen Ministerien. Hauptaufgabe des Rates ist es, Dossiers für die Minister vorzubereiten. Die Zusammensetzung des Rates ist unterschiedlich. Auch diese hängt von der Tagesordnung ab.
Das Benelux-Generalsekretariat initiiert, unterstützt und überwacht die Zusammenarbeit in den Bereichen Wirtschaft, Nachhaltigkeit und Sicherheit.
Die Interparlamentarische Versammlung der Benelux-Staaten hat 49 Mitglieder, die von den Parlamenten Belgiens, der Niederlande und Luxemburgs entsandt werden. Die Mitglieder informieren und beraten ihre jeweiligen Regierungen in allen Angelegenheiten, die die Benelux-Union betreffen.
Der Benelux-Gerichtshof ist primär für die einheitliche Auslegung gemeinsamer Rechtsnormen zuständig (z. B. in den Bereichen geistiges Eigentum, Zwangsgelder, Kraftfahrzeug-Haftpflichtversicherung etc.). Zu diesem Zweck können – oder müssen – die nationalen Richter dem Benelux-Gerichtshof Auslegungsfragen vorlegen. Der Benelux-Gerichtshof ist auch für Entscheidungen über Berufungsklagen gegen endgültige Entscheidungen des Benelux-Amtes für geistiges Eigentum zuständig. Je nach Art der Rechtssache setzt sich der Gerichtshof entweder aus Richtern zusammen, die aus den Mitgliedern des belgischen Kassationsgerichtshofs, des Obersten Gerichtshofs der Niederlande und des luxemburgischen Obersten Gerichtshofs ausgewählt werden – oder aus Richtern, die aus den Mitgliedern der belgischen, niederländischen und luxemburgischen Berufungsgerichte ausgewählt werden.
Darüber hinaus verfügt die Benelux-Union mit dem Benelux-Amt für geistiges Eigentum (BBIE) als unabhängige Organisation über eine offizielle Stelle für die Eintragung von Marken für Waren und Dienstleistungen sowie Geschmacksmustern in den drei Ländern.